Образование. В 1966 году поступил на филологический факультет МГУ им. М. В. Ломоносова, специализировался в области истории английской литературы. Продолжил обучение в аспирантуре того же факультета. В 1976 году защитил кандидатскую диссертацию о творческом методе последних пьес Шекспира. В 1997 году защитил докторскую диссертацию по эволюционной морфологии политики.

Сфера научных интересов:

• эволюционная морфология форм жизни, языка и культуры, социальных и политических порядков;
• социальная эволюция, модернизация и глобализация;
• геополитика и геохронополитка;
• методология науки, прежде всего сравнительных и трансдисциплинарных исследований;
• семиотика;
• интеллектуальная история, история концептов.

Педагогическая деятельность:

• МГИМО МИД России с 1990 года по совместительству и на постоянной основе, с 2003 по 2010 год заведующий кафедрой сравнительной политологии.
• Высшая школа экономики с 2009 года по совместительству, с 2010 года в штате. Ординарный профессор НИУ ВШЭ. Был зам. декана факультета, руководил аспирантской школой.
• В качестве приглашённого профессора читал лекции в российских (МГУ, БФУ) и зарубежных университетах (Бергена, Питтсбурга, Оксфорда, Бордо, Познани, Эдинбурга и др.).

Дополнительная информация:

• С 1988 года в ИНИОН РАН в штате или по совместительству на различных должностях.
• В 1997–2001 годах президент Российской ассоциации политической науки.
• Член Исполкома Международной ассоциации политической науки с 2009 по 2016, вице-президент с 2012 по 2014 год.
• В 1991–1994 годах М. В. Ильин был заместителем директора Института сравнительной политологии РАН, а затем на основе совместительства попеременно являлся то ведущим научным сотрудником ИСП РАН, то заместителем директора, возглавлял один из центров института. С 1997 по 2002 год являлся ведущим научным сотрудником ИСП РАН.

Журнальная и издательская деятельность:

В течение 1990 года М. В. Ильин вместе с главным редактором журнала «Рабочий класс и современный мир» И. К. Пантиным готовил преобразование журнала в «Полис» («Политические исследования»). В 1991 году покинул пост заместителя главного редактора «Полиса», оставаясь членом редакционной коллегии. В 1996 году возглавил журнал, до лета 2001 года был генеральным директором журнала, затем с 2002 по 2005 год главным редактором. С 1991 по 2006 и с 2014 по настоящее время член редакционной коллегии.

Член редакционной коллегии журнала «Политическая наука» с 2000 года по настоящее время.

Член редакционной коллегии журнала «Политическая экспертиза: ПОЛИТЭКС» с 2007 года по настоящее время.

Член редакционной коллегии журнала «Полития» с 2010 года по настоящее время.

Член редакционной коллегии журнала «Сравнительная политика» с 2010 года по настоящее время.

Член редакционной коллегии журнала Journal of Pragmatics с 1996 по 2001 и с 2008 по 2014 год.

Член редакционной коллегии журнала European Politics and Society с 1999 года по настоящее время.

Член редакционной коллегии журнала Redescriptions. Yearbook of Political Thought, Conceptual History and Feminist Theory с 2004 года по настоящее время.

Член редакционной коллегии журнала Journal of Language and Politics с 2009 по 2015 год.